关于文献中引用的DNA抽提和纯化试剂盒的全面性综述。
A comprehensive review about DNA extraction and purification kits cited in literature.
DNA抽提是很多分子生物学应用中的必要方法。有很多商业化的试剂盒可以帮助实现此过程。但是,通过PCR检测发现,不同种类试剂盒的提取效率是有差异的 [1] 。
选择正确的试剂盒可以为实验的优化和实施节省更多宝贵的时间。选择试剂盒应该考虑的因素有:
- 样品来源:不同的试剂盒用于不同的样品来源,包括人体组织、血液、毛发、啮齿类动物组织、植物叶片、细菌、酵母菌、真菌、昆虫、粪便、体液、孢子、泥土、临床样本(例如活组织检查样本和穿刺样本)、法医样本(例如干血迹和颊粘膜拭子)以及指纹。
- 制备方法:样品制备可以是:新鲜或先前制备的冻存细胞,石蜡包埋或福尔马林固定的组织切片,冰冻组织切片,乙醇固定的细胞和Oragene®-保存的样品。
- 使用目的: 试剂盒提取的DNA质量和纯度应该适用于后面的实验目的,比如要用于有测序,指纹验证,PCR,qPCR,Southern印迹, RAPD, AFLP和RFLP检测, 限制性内切酶消化,基因组测序。
- 腐殖酸含量:如果样本中含有腐殖酸,如混合物,沉淀物和manure,就需通过某种试剂盒或方法以去除腐殖酸,因为此类物质会影响到后续的DNA检测,如PCR。
- 样本含量:选择使用某种试剂盒取决于培养的哺乳动物细胞(105-107)和细菌(106-1011)的数量,组织质量(mg),血液体积(100 ul to 1 ml),泥土质量(250 mg - 10 g),植物叶片质量(mg), 等等。
- 产量。
- 自动化。
- 简易程度:试剂盒使用取决于操作人员的经验。
样本来源 | |||||||||
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CC | MT | Bl | Ba | Fu | Al | Ye | Pl | In | |
微生物 | |||||||||
细菌基因组DNA小量抽提试剂盒(BayGene) | * | ||||||||
QIAprep Spin小量抽提试剂盒(Qiagen) | * | ||||||||
QIASymphony病毒/细菌试剂盒(Qiagen) | * | ||||||||
ZR粪便DNA小量抽提(Zymo Research) | * | * | |||||||
质粒大量抽提试剂盒(Qiagen) | * | ||||||||
BACMAX DNA纯化试剂盒(Epicentre Biotechnologies) | * | ||||||||
PowerMax泥土DNA纯化试剂盒(MO BIO Laboratories) | * | * | * | ||||||
PowerSoil DNA纯化试剂盒(MO BIO Laboratories) | * | * | * | ||||||
哺乳动物细胞和组织 | |||||||||
AccuPrep基因组DNA抽提试剂盒(Bioneer) | * | * | * | ||||||
Arcturus DNA抽提试剂盒(Arcturus) | * | * | |||||||
GFX血液基因组DNA纯化试剂盒(GE Healthcare) | * | * | |||||||
哺乳动物血液DNA纯化试剂盒(Roche) | * | ||||||||
InnuPrep DNA小量抽提(AJ Innuscreen) | * | * | |||||||
QIAamp DNA小量抽提(Qiagen) | * | * | * | ||||||
AllPrep DNA/RNA小量抽提(Qiagen) | * | * | |||||||
Agencourt DNAdvance试剂盒(Beckman Coulter) | * | * | |||||||
植物 | |||||||||
NucleoSpin 8 Plant and NucleoSpin 96 Plant II, Clontech | * | ||||||||
DNeasy 96 Plant Kit (Qiagen) | * | * | |||||||
Nucleon PhytoPure基因组DNA纯化试剂盒(GE Healthcare) | * | * | |||||||
哺乳动物细胞核微生物 | |||||||||
细胞核组织DNA纯化试剂盒(Roche) | * | * | * | * | |||||
Purelink基因组DNA抽提试剂盒(Invitrogen) | * | * | * | * | |||||
DNeasy血液和组织抽提试剂盒(Qiagen) | * | * | * | * | * | * | |||
组织基因组DNA抽提试剂盒(Macherey Nagel) | * | * | * | * | * | ||||
GeneJET基因组DNA纯化试剂盒 | * | * | * | * | * | ||||
FastDNA SPIN Kit ( MP Biomedicals) | * | * | * | * | * | * | * | ||
哺乳动物细胞,微生物和植物 | |||||||||
ArchivePure DNA纯化试剂盒(5Prime) | * | * | * | * | * | * | |||
DNA纯化试剂盒(BioBasic) | * | * | * | * | * | * | * | ||
FastDNA Kit (MP Biomedicals LLC) | * | * | * | * | * | * | * | * | * |
DNAzol® 试剂(Invitrogen) | * | * | * | * | * | * | * | * | |
Easy-DNA® 试剂盒(Invitrogen) | * | * | * | * | * | * | |||
向导® 基因组DNA纯化试剂盒(Promega) | * | * | * | * | * | * | * | ||
全血 | |||||||||
哺乳动物血液纯化试剂盒(Roche) | * | ||||||||
InnuPREP血液DNA小量抽提试剂盒(AJ Innuscreen) | * | ||||||||
PCR产物 | |||||||||
Wizard® PCR Preps DNA纯化系统(Promega) | |||||||||
QIAquick PCR纯化试剂盒(Qiagen) | |||||||||
MinElute PCR纯化试剂盒(Qiagen) | |||||||||
GenElute™ PCR Clean-Up (Sigma-Aldrich) | |||||||||
PureLink® PCR纯化试剂盒(Life Technologies) | |||||||||
GeneJet PCR纯化试剂盒(Thermo Scientific) | |||||||||
胶回收 | |||||||||
MinElute胶回收试剂盒(Qiagen) | |||||||||
ZymocleanTM胶回收DNA试剂盒(Zymo Research) | |||||||||
其它试剂盒 | |||||||||
NEBNext DNA样品制备试剂组合1 (New England Biolabs) | |||||||||
GS FLX Titanium 基因文库快速制备试剂盒(Roche) |
从任何类型样本纯化DNA应符合的基本条件包括:(1)高效提取, (2)提取足够的DNA以用于后续实验过程, (3)去除残留的污染物, (4)DNA的质量和纯度。紫外吸光度可用来评估所提取DNA的纯度。对于纯的DNA样品,280 nm与260 nm的紫外吸光度比值(A260/A280)为1.8。比值小于1.8表示样本存在蛋白质或苯酚等有机溶剂污染。图1列出了所有DNA抽提方法的基本步骤。
不同的抽提方法,其DNA的得率和纯度也不同。为应用于特殊的样品,如土壤,沉积物 [2] , 人类微生物群 [3] , 以及粪便样品 [4-6] ,对一些DNA提取方法进行了系统的评价。
在这个广泛使用的传统方法中,细胞被裂解,然后通过离心去除细胞碎片。然后通过蛋白酶使蛋白质变性/消化,利用苯酚等有机溶剂或1:1酚和氯仿混合物沉淀蛋白质并通过离心去除。纯化的DNA通常用乙醇或异丙醇进行沉淀回收。在单价阳离子如 Na+存在时, 以及在20度温度时,无水乙醇可高效沉淀高分子核酸,并在RNA酶处理后,把短链和单体核酸组分包括核糖核苷酸,留在溶液里。此方法使用有害有机溶剂,相对耗费时间,且残余的苯酚或氯仿可能影响后续的检测,如PCR。 Easy-DNA® 试剂盒(Invitrogen)就是一个例子。
这是现有试剂盒中广泛使用的方法。在特定pH值的盐溶液中,DNA可特异性吸附到二氧化硅膜/珠子/颗粒上。细胞残留物通过清洗去除。DNA在低盐缓冲液或洗脱液中被洗脱下来。离液盐用来帮助蛋白质变性和抽提DNA。此方法可与离心柱和微芯片结合,有成本效益,比有机提取具有更简单、更快的操作程序,且适合自动化。基于此方法的试剂盒包括Purelink基因组DNA抽提试剂盒(Invitrogen)和DNeasy血液和组织抽提试剂盒(Qiagen)。
此方法基于DNA与磁性固定表面/微珠/颗粒的可逆性结合,这些磁性物质包被了DNA结合抗体或者功能性基团,可以与DNA特异性结合。DNA结合后,微珠经过DNA结合,珠是从其它污染的细胞成分分离,洗涤,最后用乙醇提取纯化的DNA洗脱。在结合DNA后,从其它残余的细胞成分中分离并洗涤微珠,最后用乙醇洗脱、提取纯化的DNA。此方法操作快捷且可实现自动化,但比其他方法更昂贵。例如Agencourt DNAdvance 试剂盒(Beckman Coulter)和磁性微珠抽提基因组DNA试剂盒(Geneaid)。
该方法是基于基板上带负电荷的核酸中的磷酸盐和带正电荷的表面分子之间的特异性相互作用。在低盐环境中,DNA特异性地结合基板,残留物可使用低或中等盐缓冲液洗涤去除,最后纯化的DNA可采用高盐缓冲液进行洗脱。该方法更常应用于质粒提取试剂盒,如PureLink® 高纯度质粒DNA纯化试剂盒(Invitrogen), Qiagen质粒小量/中量纯化试剂盒,Genomic-tip,以及 NucleoBond® PC试剂盒(Macherey Nagel)。
其他方法包括盐析法,氯化铯密度梯度离心法以及Chelex 100树脂纯化法。不同细胞DNA,其提取方法往往需要改进和优化。十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)和异硫氰酸盐(GITC)通常用于提取植物组织DNA,在“提取植物组织和细胞DNA”部分会有更详细的介绍。
表1列有基于文献的常用的DNA提取和纯化试剂盒。
细菌细胞的生长在液体培养基中,当达到最大密度 2-3x109个细胞/ml时收集。通过化学试剂,如溶菌酶,EDTA,溶菌酶结合EDTA,洗涤剂等,裂解收集的细胞,再通过有机萃取法或二氧化硅技术去除细胞成分。最后一步是通过沉淀DNA获得高浓度的纯化DNA。对于酵母菌和其它微生物,提取DNA的方法流程与此类似。
现可用的提取DNA试剂盒,其裂解液的调整方法,提取DNA的方法,膜和清洗液的使用及DNA回收,如下面表2所列。
- 细菌基因组DNA小量提取试剂盒(BayGene/Sigma-Aldrich): 本试剂盒适用于提取革兰氏阴性及阳性菌的DNA,提取的DNA后续可进行限制性内切酶酶切,PCR和Southern blots。它的微离心柱采用了一种基于二氧化硅的系统,可分离最长为50 kb的DNA。用此试剂盒,细胞在离液盐溶液张被裂解酶裂解,DNA特异性吸附在二氧化硅膜上,然后通过洗涤去除残留物。最后,使用合适的缓冲液洗脱DNA。
- BACMAX DNA纯化试剂盒 (Epicentre Biotechnologies/Cambio): 适用于从单拷贝BAC克隆或诱导型copycontrol®BAC克隆中提取DNA,用于如测序,指纹鉴定,PCR以及基因文库的制备。它是基于一种改良的碱裂解法,并利用 EPICENTRE's® RiboShredder®RNase混合物以及各种选择性沉淀步骤去除残留物。
- QIASymphony 病毒/细菌试剂盒(Qiagen): 这些试剂盒可与QIAsymphony SP结合使用,从DNA和RNA病毒以及从革兰氏阴性和阳性细菌中纯化DNA,并可实现自动化操作,同步从血清,血浆或脑脊液中提取病毒核酸,或同步从拭子,抽吸物,痰,支气管肺泡灌洗液(BAL),以及尿液、泌尿生殖道拭子等不同样品中提取病毒核酸和细菌DNA。这些试剂盒是基于磁微粒技术,纯化的核酸可直接用于后续的扩增实验和酶切反应。
该试剂盒特别适合于检测粪便菌群,与其它普遍使用的试剂盒相比,该试剂盒从人粪样本中纯化出的DNA,多样性,质量及得率都较高 [4] 。 ZR粪便DNA小量提取试剂盒(Zymo Research): 使用此试剂盒,可从不多于150mg的哺乳动物粪便中每次高效提取到多至25微克的宿主细胞、细菌和原虫的DNA。通过使用超高密度BashingBeads™,样品可被高效裂解。然后利用快速旋转柱柱技术分离DNA,再通过过滤去除影响PCR反应的腐殖酸/多酚。最后洗脱的DNA可直接用于后续的分子学实验,包括PCR,芯片,基因分型和甲基化检测。
与其它广泛使用的试剂盒相比,此试剂盒纯化人粪样品的DNA,具有较高的多样性,质量及得率,与QIASymphony病毒/细菌的试剂盒类似 [4] 。 - PowerSoil DNA纯化试剂盒(MO BIO Laboratories Inc): 该试剂盒可用于从所有类型的土壤和环境样品,以及粪便和生物体来源的固体样品中分离微生物基因组DNA。它提供了一个已获专利的去除腐殖物质/棕色的方法,从而可消除抑制PCR反应的因素,即使是最难纯化土壤标本,也能纯化出高质量DNA以用于后续的PCR,qPCR和下一代测序。该试剂盒提取的DNA,可通过对其进行16S rRNA的基因序列分析从而检测人类肠道菌群组成情况 [5] 。
- PowerMax土壤DNA纯化试剂盒(MO BIO Laboratories Inc):此试剂盒可从含有无论多少微生物(革兰氏阳性和阴性细菌,真菌,藻类及放线菌)或含有腐殖性物质(堆肥、泥沙和有机肥)的任何土壤或环境样品中纯化DNA。这是基于PowerSoil® DNA纯化试剂盒的方法,并同样采用了一种新型的抑制剂去除的专利技术Inhibitor Removal Technology®,以去除PCR抑制物,包括腐殖性物质。棕色是因为纯化的是土壤DNA。
- UltraClean微生物DNA纯化试剂盒(MO BIO Laboratories Inc): 本试剂盒可从1.8毫升的多种类型的微生物培养液中(包括酵母,真菌,革兰氏阴性和阳性细菌,细菌孢子和真菌类微生物)分离出高质量基因组DNA,可长达50 kb。释放出来的DNA可结合到二氧化硅旋转滤器,再通过用无DNA的Tris缓冲液洗涤、回收DNA。该试剂盒已被广泛用于检测粪便菌群 [6] 。
- QIAprep离心柱小量提取试剂盒(Qiagen):该试剂盒提供了一种快速,简单且成本较低的质粒小量提取的方法,后续可用于实验室常规的分子生物学实验。它是基于二氧化硅膜技术。操作过程大致先是通过碱裂解法裂解细菌细胞,染后在高盐缓冲液中把DNA吸附到到二氧化硅膜上。提取的质粒DNA可直接应用于后续试验。不需要进行苯酚抽提和乙醇沉淀,高质量的质粒DNA可通过少量Tris-HCl缓冲液或水进行洗脱。
- 质粒大量抽提试剂盒(Qiagen): 该试剂盒可用于制备高纯度、超螺旋的质粒DNA,且得率高。它是基于一种改良碱裂解法,然后在合适的低盐和pH值条件下,用已获专利的QIAGEN树脂结合质粒DNA。然后通过中等盐浓度的清洗缓冲液去除RNA,蛋白质,染料及小分子杂质。最后,在高盐缓冲液中洗脱质粒DNA,再通过异丙醇沉淀质粒DNA,以进行浓缩和脱盐。相关产品: QIAGEN质粒中量提取试剂盒 [7] 和QIAGEN质粒小量提取试剂盒 [8] 。
试剂盒 | 来源 | Yield | 应用及优点 | 参考文献 |
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细菌基因组DNA小量提取试剂盒(BayGene) | 培养液 | 可从0.8 - 1.5毫升培养过夜的样本中得到15-20微克的DNA,取决于样本来源和每毫升样本的OD600值。 | 提取的DNA可用于限制性内切酶消化,PCR和Southern印迹。纯化的DNA的A260/A280 吸光度比值在1.6-1.9之间。包括溶菌酶稀释液&RNase A溶液 | [9] |
BACMAX DNA纯化试剂盒(Epicentre Biotechnologies) | BAC培养液 | 可从1.5-100毫升的单拷贝BAC培养液中纯化出0.6-25微克的 BAC DNA。 | 纯化的DNA可用于测序,指纹鉴定,PCR以及基因文库的制备。避免使用会降低产量和剪切DNA的离心柱或结合性树脂。不含有毒的有机溶剂。 | [10] |
QIAsymphony病毒/细菌试剂盒 | 各种来源:血清,血浆,脑脊液,拭子,分泌物,痰,支气管肺泡灌洗,粪便。 | 单次可纯化多达96个样品,每组24个样品。 | F可实现完全自动化,适用于同步纯化病毒和细菌DNA。为后续应用提供高质量的DNA。 | [4] |
ZR粪便DNA小量提取试剂盒(Zymo Research) | 哺乳动物粪便(人类,鸟类,大鼠,小鼠,牛) | 可把每个样品中多达25微克的总DNA洗脱于≥25微升的洗脱缓冲液中(≤ 150 mg) | 分离无PCR抑制物的DNA,适用于PCR,芯片,基因分型,甲基化检测等。不使用有机变性剂(蛋白酶)。 | [4] |
PowerMax土壤DNA纯化试剂盒(MO BIO Laboratories) | 无论含有高或低水平微生物的土壤或环境样本 | 30分钟完成从10g土壤中纯化DNA | 生产高纯度的不含PCR抑制物的DNA,可用于PCR和实时定量PCR。对于含微生物量较低的样本具有较高的检测灵敏度。可得到高纯度的不含PCR抑制剂的DNA。 | [2, 11] |
PowerSoil DNA纯化试剂盒(MO BIO Laboratories) | 泥土、环境样本; 粪便和生物性固体样本。 | 30分钟完成从250mg土壤中纯化DNA | 纯化的DNA可进行PCR,qPCR和下一代测序。去除PCR抑制剂。纯化高质量的DNA。 | [12-14] |
UltraClean微生物DNA纯化试剂盒(MO BIO Laboratories) | 酵母,真菌,革兰氏阴性和阳性细菌,细菌和真菌孢子 | 得到多于50 kb的高质量DNA。20分钟内快速从微生物培养液中纯化DNA。 | 纯化的DNA可进行PCR,限制性内切酶消化。必须无有害的有机溶剂或酶。 | [11] |
QIAprep离心柱小量提取试剂盒(Qiagen) | 培养液 | 1.5毫升过夜培养液可纯化从5-15微克的质粒DNA。30分钟内可同时纯化1-24个样本。 | 纯化高质量的质粒DNA。从1-10 ml过夜培养的E. coli大肠杆菌LB培养液中纯化低拷贝质粒或粘粒。可纯化大的质粒(>50 kb)。 | [15, 16] |
质粒大量提取试剂盒(Qiagen) | Culture | 可纯化最大为150 kb的高质量质粒500微克。 | 可得到高产量的超纯超螺旋质粒DNA,用于分子生物学应用。纯化的质粒DNA可用于转染, 体外转录和翻译,以及酶学修饰。 | [8, 17-19] |
从动物细胞和组织中提取DNA的基本步骤和在前言中介绍的提取微生物DNA的方法相同。然而,需要针对动物细胞的特性对试剂盒进行一定调整。培养和准备动物细胞和微生物细胞的培养非常不同。不像微生物细胞,大多数动物细胞没有细胞壁,因此,更容易裂解,仅使用去污剂即可裂解。但是,动物组织首先需要经匀浆或酶裂解处理。在细胞裂解后,从细胞组分中分离和纯化DNA。许多试剂盒不使用酚/氯仿抽提和乙醇沉淀这些传统的有机萃取法。这有利于最大限度地减少有机溶剂对DNA的损伤。例如AccuPrep基因组DNA提取试剂盒(Bioneer) 和GFX血液基因组DNA纯化试剂盒(GE Healthcare) 采用玻璃纤维离心柱提取DNA。QIAamp DNA小量提取试剂盒(Qiagen)采用二氧化硅膜离心柱,它可以在一定pH值和盐浓度条件下特异性保留DNA。Agencourt DNAdvance试剂盒(Beckman Coulter)采用磁性分离技术。
可用于提取和纯化哺乳动物细胞和组织DNA的试剂盒见如下介绍。关于这些试剂盒的概述见表格3。
- AccuPrep基因组DNA提取试剂盒(Bioneer): 此试剂盒可从200微升人全血中提取大约6微克DNA,从5x106淋巴细胞,25-50 mg哺乳动物组织或104-108培养的细胞中提取高达20微克DNA。该试剂盒适用于柠檬酸或EDTA处理的全血。它不是通过常规方法来分离DNA,不涉及酚/氯仿抽提及乙醇沉淀等方法。组织首先要进行匀浆。该试剂盒采用了含玻璃纤维的柱子,在离液盐存在时能特异性结合DNA。在洗涤残留物物,DNA通过低盐溶液进行洗脱。
- Arcturus® PicoPure® DNA提取试剂盒(Arcturus® PicoPure® DNA提取试剂盒, LifeTechnologies-Invitrogen): 这些试剂盒可用于提取细胞或组织含量极少的样本。它采用红外激光捕获显微切割(LCM)技术,是显微切割单细胞或少量细胞的理想选择。
DNA可在同一管子中进行提取和扩增,从而最大限度地减少损失和提高纯化DNA的得率。同样此试剂盒不需要有机溶剂和离心柱。可用于多种方法制备的样品,较适用于福尔马林固定及石蜡包埋(FFPE)的组织切片,组织冰冻切片,乙醇固定细胞,细胞学涂片以及新鲜或冷冻细胞。 - GFX全血基因组DNA纯化试剂盒(Amersham Bioscience, GE Healthcare): 该试剂盒可用于全血,血液白细胞,骨髓,红细胞(RBCs),培养细胞,淋巴细胞和口腔细胞的DNA纯化,适用于需高达15微克基因组DNA的后续应用,并使用玻璃纤维填充的柱子。该试剂盒提供了三种纯化方法:1)处理最多为100微升血液的直接法;2)处理最多为1毫升的全血或骨髓及最多为150微升的血液白细胞的扩展性方法;3)处理培养的细胞(最多为5x106 个)及淋巴细胞(最多为1x107个)的操作过程。
- InnuPrep DNA小量纯化试剂盒(Analytik Jena): 该试剂盒可从组织样品(最多50毫克),啮齿类动物尾巴(0.5-1厘米),石蜡包埋组织样品和真核细胞(最多5x106个细胞)中分离基因组DNA。该试剂盒是基于已获专利的双化学(DC)技术,它把一种时间需严格控制的裂解液与另一种新的结合缓冲相结合,通过离心过滤柱最大限度地减少了纯化DNA的时间。用裂解缓冲液进行裂解后,提取时间不超过8分钟。相关产品:innuprep微量DNA提取试剂盒,innuprep DNA/RNA小量提取试剂盒。
- QIAamp DNA小量提取试剂盒(Qiagen): 该试剂盒可从人体组织,拭子(口腔,眼,鼻,咽及其它部位),脑脊液,血液,体液及尿液中的细胞提取基因组,线粒体,细菌,寄生虫,病毒的DNA。组织通过酶进行裂解。该试剂盒特别适用于人类微生物组的细菌群落结构分析。采用珠磨机械破碎法和/或mutanolysin法进行细胞裂解的QIAamp DNA小量提取试剂盒,与不采用这两种方法的试剂盒(例如DNeasy组织提取试剂盒, QIAamp粪便提取试剂盒)相比,已证明可提供更好的样品中的微生物多样性 [3] 。相关产品:QIAamp DNA微量提取试剂盒 [10] , QIAamp全血DNA小量提取试剂盒 [20-23] , QIAamp粪便DNA小量提取试剂盒 [16, 24-28] , QIAmp血液DNA中量提取试剂盒 [29, 30] , QIAamp 96 血液DNA提取试剂盒 [31, 32] 以及血液DNA大量提取试剂盒 [33, 34] 。
- Gentra Puregene血液提取试剂盒(Qiagen): 该试剂盒可从全血,骨髓,血中白细胞及体液中分离基因组DNA。在有DNA稳定剂的条件下用阴离子去污剂裂解细胞。DNA稳定剂可抑制细胞内及周围环境的DNases酶活性。通过一种RNA消化酶降解RNA。其他残余物,如蛋白质,通过盐沉淀除去。最后,基因组DNA通过乙醇沉淀获得并溶于TE缓冲液(1 mM EDTA,10 mM Tris-HCl pH 7.5)。相关产品:Gentra Puregene 组织提取试剂盒 [35-38] 以及Gentra Puregene细胞提取试剂盒 [23, 39-41] 。
- AllPrep DNA/RNA小量提取试剂盒(Qiagen): 可用于从高达107个细胞或30 mg的组织中提取DNA/RNA。 本试剂盒可从同一细胞或组织样品中同时纯化基因组DNA和总RNA,可分别使用新型的AllPrep DNA离心柱和RNeasy小型离心柱。相关产品:AllPrep的DNA / RNA微量提取试剂盒。
- Agencourt DNAdvance试剂盒(Beckman Coulter): 这是一种高产量的基因组DNA(gDNA)纯化试剂盒,用于从新鲜或冷冻的哺乳动物组织样品中分离DNA。它采用已获专利的Agencourt's SPRI® 顺磁性珠技术去分离基因组DNA。该操作程序可在96孔板进行,适合自动化。
试剂盒 | 来源 | 产量 | 应用和优点 | 参考文献 |
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AccuPrep基因组DNA提取试剂盒(Bioneer) | W全血,淋巴细胞,哺乳动物组织和培养的细胞。 | 从200微升的人全血中可提取高达6 ug的总基因组DNA,从5x106 淋巴细胞,5-50 mg哺乳动物组织或104-108培养细胞中可提取高达20微克总基因组DNA。 | 总基因组DNA的提取。高核酸纯度及高产量。 | [42] |
Arcturus® PicoPure® DNA提取试剂盒(Invitrogen) | 哺乳动物组织和培养的细胞 | 提供从激光捕获显微切割(LCM)制备的细胞(最少为10个)中进行可靠的和可重复的DNA回收方法,也可用于高达几毫克的组织或细胞大样本中提取DNA | 纯化DNA以进行末端或实时定量PCR检测。适用于制备大多数组织和细胞。高效提取。 | [43] |
GFX血液基因组DNA纯化试剂盒(GE Healthcare) | 全血,血液白细胞,骨髓,有核红细胞,培养的细胞,淋巴细胞和口腔细胞。 | 从100微升人全血中可纯化2-4 微克DNA,从5微升有核血通过直接法可纯化10-15微克DNA, 通过扩展性方法可从人全血中纯化4.5-7.5微克DNA,以及从2 x 106培养的细胞中可纯化8-14微克DNA。 | 纯化的DNA可用于限制性酶切消化,PCR和Southern杂交。整个操作过程大约需要15-20分钟。没有酚,氯仿,玻璃浆料,批量洗涤液以及乙醇沉淀。可扩展性 | [44, 45] |
InnuPrep DNA小量纯化试剂盒(AJ Innuscreen) | 组织样本,啮齿类动物尾巴,石蜡包埋组织样品和真核细胞 | 产量和操作时间依赖于fastprep仪器,适配器以及裂解剂的使用。柱子结合容量:>100微克gDNA,产量可高达65微克。 | 纯化的DNA可用于PCR。操作快捷且样本重复性好。已通过认证可用于体外实验诊断用(CE-IVD) | [46] |
QIAamp DNA小量提取试剂盒(Qiagen) | 人体组织,拭子(口腔,眼,鼻,咽,和其它部位),脑脊液,血液,体液及尿液中细胞。 | 可纯化长达50 kb的DNA。核酸或DNA的产量取决于样本材料的来源。例如,从200微升血中可纯化4-12微克DNA, 从200微升血液白细胞中可纯化25-50微克DNA,从106细胞中可纯化15-20微克DNA。 | 纯化的DNA可用于PCR、RT-PCR、Southern印迹、SNP和STR基因型检测以及药物基因组学研究。纯化产量高且稳定。30分钟内可从多达25mg的组织样本或200微升液体样本中完成DNA的提取。使用QIAamp DNA小量提取试剂盒可通过QIAcube实现自动化。 | [47-54] |
AllPrep DNA/RNA小量提取试剂盒(Qiagen) | 细胞或组织样本 | 纯化的基因组DNA平均长度为15-30 KB,这取决于均质条件。提取的总RNA质量很高,RIN值为10,表明RNA是完整的。 | 同步纯化基因组DNA和总RNA。纯化的基因组DNA适用于Southern-,dot-以及slot-blot检测;也可用于PCR及与多重PCR。纯化的总RNA适用于RT-PCR和实时定量RT-PCR,差异性检测,cDNA合成,northern-,dot-,slot-blot检测以基因芯片检测。 | [55, 56] |
Gentra Puregene血液提取试剂盒(Qiagen) | 全血,骨髓,血液白细胞以及体液。 | 纯化得率取决于样品类型,样本来源的基因组大小以及样本中的细胞数量。得率同样也取决于起始样本质量。例如,从1毫升全血中可得到16-50微克,从1毫升体液中可得到2-50微克。 | 纯化出高质量基因组DNA (吸光度A260/A280比值大于1.7)可立刻进行后续的应用。可纯化大于50 kb的DNA,一般主要在100-200 kb。 | [57, 58] |
Agencourt DNAdvance试剂盒(Beckman Coulter) | 哺乳动物组织 | 纯化产量取决于样本类型。从25毫克大鼠肝脏,大鼠脑组织以及小鼠尾巴中分别可纯化出18,25和35微克核酸(产品概述, beckmancoulter.com)。 | PCR,PCR,RFLP,RAPD,AFLP、微卫星分析,SNP检测(基因分型,指纹鉴定等),临床测序和再测序以及琼脂糖凝胶回收检测。可纯化高产量的基因组DNA。不涉及有机萃取及离心/过滤。75分钟内通过合适的辅助设备可完成96孔板上的样品纯化。 | [59] |
考虑到植物组织和细胞的不同特点,如上所提到的分离DNA的基本步骤要修改。用于裂解微生物细胞的化学物质或酶对于植物细胞可能不同样奏效,例如,通常试剂盒中用于裂解细菌的溶菌酶,对裂解植物细胞没有作用。而且,植物细胞的生化成分往往非常不同于微生物和动物细胞。不像微生物,许多植物中富含多糖和多酚,无法通过苯酚萃取去除。与处理微生物不同的哪些方法需涵盖在试剂盒中,从而说明植物细胞的特性。其中一种方法就是通过去污剂十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)与核酸结合成形成不溶性复合物,从而可选择性沉淀DNA,把碳水化合物,蛋白质和其他残留组分留在上清中。含DNA的沉淀可溶解在1N氯化钠中以解离复合体。CTAB可用于提取过程中的任一步骤。可通过含聚乙烯吡咯烷酮(PVP)或聚乙烯吡咯烷酮(PVPP)的高浓度CTAB去除多酚。
另一种方法是使用异硫氰酸盐(GITC),从而可通过两种方式从植物材料纯化DNA。第一种方式,GITC使蛋白质变性并溶解蛋白,细胞结构解体,并把核蛋白从核酸上解离。由于这一特性,GITC可用于从任何类型的组织中分离DNA。第二种方式,GITC存在时DNA可特异性紧密结合二氧化硅颗粒。此特性可用来从变性蛋白及其它生物化学或细胞组分中来分离DNA。常用的二氧化硅颗粒常做成填充性色谱柱,常用于GITC提取DNA。DNA选择性地结合到柱子上,洗涤去除细胞残留物后,在最后一步被洗脱下来。
在一些提取DNA的操作程序中,抗坏血酸,diethyldithiocarbin酸及2-巯基乙醇可用来阻止DNA氧化和降解。RNA可通过RNase进行去除。纯化DNA的质量很大程度上依赖于植物材料的生理状况,而不是提取试剂盒本身。
用于从植物材料提取DNA的试剂盒介绍如下。关于这些试剂盒的概述详见表格4。同样也涉及广泛应用于哺乳动物,微生物和植物细胞的试剂盒。
- NucleoSpin 8 Plant and NucleoSpin 96 Plant II (Clontech):这些试剂盒可用于从植物细胞和组织提取基因组DNA,后续适合于PCR,Southern杂交或任一种酶联反应。还给出了节约时间的同步分离基因组DNA的方法,即以8孔条或96孔板的高通量模式进行。植物组织匀浆后,该试剂盒采用一种含CTAB的裂解液体使植物材料裂解。作为替代,试剂盒也提供了SDS裂解液。在去除多糖,残留物及残留的细胞碎片后,接着用二氧化硅膜对裂解物质(主要含DNA)做进一步纯化。最后用洗脱液或蒸馏水洗脱DNA。试剂盒中的核糖核酸酶常用来去除DNA样本中的RNA。
- DNeasy 96 植物提取试剂盒(Qiagen): 从每孔植物组织(包括植物细胞,组织和真菌)样品中分离高达15微克总细胞DNA。DNeasy 植物小量提取试剂盒可从高达100毫克的植物组织中提取DNA,DNeasy Plant大量提试剂盒可从高达1克的植物组织中提取DNA。简单说,植物材料先进行匀浆,然后用含核糖核酸酶的裂解液处理。裂解后,蛋白质和多糖通过盐沉淀分离。细胞碎片和沉淀物通过QIAshredder离心柱去除。然后把样品加到硅胶膜离心柱上,经过几次洗涤后,用低盐缓冲液或水将DNA洗脱。此过程可在常规的96孔板中进行,得率稳定,具有较好的可重复性。相关产品: DNeasy植物小量提取试剂盒 [60-62] 。
- Nucleon PhytoPure 基因组DNA提取试剂盒(GE Healthcare): 该试剂盒可用于从新鲜,冷冻或冷冻干燥的植物样品中分离DNA,也可用于分离真菌样本DNA。该试剂盒应用了一种独特的方法,即通过Nucleon phytopureproprietary树脂特异性结合多糖。Nucleon Phytopure DNA提取系统操作简单,不需用苯酚或十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)。简单说,通过含钾钠SDS的裂解试剂破坏细胞壁并裂解细胞。此体系中的SDS可与蛋白质和多糖形成复合物。随后,一并加入氯仿和特别改装过的Nucleon PhytoPureproprietary树脂,后者可与多糖共价性结合。最终可获得高质量的DNA。与使用氯仿一起,此操作流程中还需冰冷的异丙醇和70%乙醇。
试剂盒 | 来源 | 产量 | 使用和优点 | 参考文献 |
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NucleoSpin 8 Plant and NucleoSpin 96 Plant II (Clontech) | 植物细胞和组织 | 可在100-200微升的洗脱液中分离出50 bp-30 KB的片段。 | 提取的DNA可用于PCR,Southern杂交或任何酶促反应。操作可能在真空或通过离心进行。适用于手动和自动化操作。 | [63, 64] |
DNeasy 96植物提取试剂盒(Qiagen) | 植物细胞,组织及真菌 | 每50毫克植物叶组织可提取的DNA产量一般为1-15微克,可洗脱在100-200微升洗脱液中。获得的DNA产量因物种不同而异,取决于基因组大小,倍数情况,细胞数及组织样本的年龄。 | 提取的DNA可用于PCR,RAPD,AFLP分析,限制性片段长度多态性分析,Southern杂交,微卫星检测和SNP基因型检测,实时定量PCR。不需有机提取和乙醇沉淀。DNA产量稳定,可重复性好,且可以96孔板高通量模式进行。 | [65] |
Nucleon PhytoPure基因组DNA提取试剂盒(GE Healthcare) | 植物和真菌样本 | 可获得高产量。 | 纯化的DNA适用于限制性内切酶消化,RAPD和AFLP检测。操作简单快捷。可避免使用苯酚或十六烷基三甲基溴化铵(CTAB)。该操作可在1小时内完成。 | [66] |
可用于提取哺乳动物DNA提取的试剂盒,如下也涵盖提取微生物DNA的试剂盒。这些试剂盒的概述详见表格5。
- 用于提取细胞和组织DNA的试剂盒(Roche): 此试剂盒可从多达1g的组织,多至107的培养细胞及多至1011的细菌或酵母细胞中提取基因组DNA。此试剂盒不需使用有机提取物,阴离子交换柱和离液剂。它纯化的基因组DNA大小不等,从50到150 kb,整个操作程序可约在2.5小时内完成。
- Purelink基因组DNA提取试剂盒(Invitrogen): 本试剂盒适用于较大范围样本量的DNA分离。例如可分离100微升至1ml血液样本的DNA,还适用于组织,细胞,细菌,口腔拭子,血斑,FFPE组织以及oragene ®;保存的样品。此试剂盒基于二氧化硅膜技术,且具有较好灵活性,即不需要特别的设备也可在96孔板上操作,既可手动操作,也可实现自动化。
- DNeasy血液和组织提取试剂盒(Qiagen):该试剂盒可从各种来源的样品(包括新鲜或冷冻组织,福尔马林固定或石蜡包埋的动物组织和细胞,啮齿类动物尾巴,血液,细菌,酵母,昆虫,毛发,昆虫等)中提取总DNA(基因组,线粒体和病原菌DNA),纯化的DNA片段主要为50 kb大小。此试剂盒可高效提取小至100 bp的DNA片段。它使用的是二氧化硅技术,二氧化硅膜填充的离心柱可特异性结合DNA。在细胞裂解液裂解细胞后,20分钟内可完成DNA提取的全部操作。
- NucleoSpin® Tissue XS kit (Macherey Nagel: 此试剂盒可用于提取组织(例如猴肾,激光显微解剖组织), 细胞(例如细菌,酵母及培养的细胞), 临床样本(例如活检样本,细针穿刺物)及法医样品(例如干血斑,颊黏膜拭子,指纹)中提取基因组DNA。 它主要的优点是,提供了可靠且重复性好的DNA提取方法,可从激光捕获显微切割(LCM)制备的最少10个细胞中提取DNA,也可从高达几毫克的组织或细胞中提取DNA。该试剂盒也采用了二氧化硅膜技术。相关产品: NucleoSpin® Tissue, NucleoBond® AXG, NucleoSpin® 8 Tissue Core kit, NucleoSpin® 96 Tissue Core kit。
- GeneJET基因组DNA纯化试剂盒:本试剂盒可从各种哺乳动物培养细胞和组织样本,全血,细菌和酵母中快速、高效企图高质量的基因组DNA。它在一个常规方便使用的旋转柱中采用了二氧化硅膜技术,在细胞裂解后可在20分钟内完成DNA的提取。它可纯化大于30 kb的DNA,后面可直接用于PCR,Southern杂交和酶促反应。
- FastDNA离心柱试剂盒(MP Biomedicals):本试剂盒适用于从植物,动物,细菌,酵母,藻类及真菌中提取基因组DNA,并使用二氧化硅滤膜的离心柱技术。通过结合使用任何FastPrep®设备,可用于高达200 mg的任何样本的细胞裂解及随后的DNA提取,整个操作过程可在30分钟内完成。FastPrep® 设备是一种台式设备,采用了一种已获专利垂直角运动装置,通过产生与溶解基质颗粒的多方向、同时撞击,从而使样品均质化。FastPrep设备提供了一个非常快速,高效和高重现性的样品均质化方法,优于传统的提取方法,如酶消化,超声处理,混合,颠倒混匀及涡旋。裂解后,通过离心沉淀细胞碎片及裂解基质。然后采用基于二氧化硅技术的GENECLEAN离心过滤柱纯化DNA。纯化的DNA适用于酶消化,电泳,PCR和其它任何预期应用。
试剂盒 | 来源 | 产量 | 使用及优点 | 参考文献 |
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细胞和组织的DNA提取试剂盒(Roche) | 组织,培养的细胞,细菌和酵母细胞。 | 纯化的DNA产量和质量在很大程度上取决于原料起始质量,每个样品的细胞数量和样本来源的基因组大小。 | 纯化的DNA可用于PCR,测序和Southern印迹。不需要有机提取物,阴离子交换柱和离液剂。 | [67] |
Purelink基因组DNA提取试剂盒(Invitrogen) | 血液,组织,细胞,细菌,颊粘膜拭子,血斑,石蜡包埋组织以及Oragene®保存的样本。 | 从5x105 - 5x106 HEK 293细胞中可提取5-25微克DNA。 | 可获得高纯度gDNA(吸光度A260/A280比值= 1.86-1.88, 吸光度A260/A230比值= 2.18-2.31),后续适合于PCR,定量PCR,电泳,Southern杂交,基因分型检测及其它。可纯化高纯度gDNA,灵活性高,可用于分离很大范围的样本量。 | [68, 69] |
DNeasy血液和组织提取试剂盒(Qiagen) | 新鲜或冷冻的动物组织和细胞,啮齿动物尾巴,血液,细菌,酵母,毛发发和昆虫。也可用于福尔马林固定或石蜡包埋的样本。 | 纯化的DNA紫外吸光度 A260/A280比值范围为1.7-1.9, 可纯化长达50 kb的DNA, 主要以30 kb为主。 | 纯化的DNA可用于PCR,Southern杂交,RAPD,AFLP及RFLP。可高效纯化小至100 bp的DNA片段。能同时处理多个样品。 | [8, 21, 35, 42, 44, 70-97] |
组织基因组DNA提取试剂盒(Macherey Nagel) | 新鲜或冷冻的细胞和组织, Guthrie/NucleoCard® /FTA卡上的血斑, 口腔拭子,法医样品 | 纯化的基因组DNA片段长度取决于样品材料的质量,可能从激光显微切割或法医样品的500 bp,到新鲜组织或培养细胞的30 kb不等。 | 纯化的DNA可用于实时定量PCR和多重PCR。可高效提取微量DNA。可实现小体积洗脱液(5-30微升)回收高浓度DNA。 | [53] |
GeneJET基因组DNA纯化试剂盒 | 哺乳动物细胞和组织样本,全血,细菌,酵母 | 纯化的DNA产量取决于样本的质量和来源,例如,从200微升血液及10-15微克小鼠心脏中可纯化出4-6微克DNA,从2x106 HeLa细胞中可纯化出15-20微克DNA。 | 可用于提取多种来源的细胞和组织样本DNA,可纯化出高分子量的基因组DNA(≥30 KB),适合于PCR,Southern杂交及其它分子生物学实验等,此试剂盒的离心柱装有收集管,使用方便。 | [98] |
FastDNA离心柱试剂盒( MP Biomedicals) | 培养的细胞,植物,动物,细菌,酵母,藻类,真菌 | 30分钟内完成从多达200mg的几乎任何样品中提取DNA | 纯化的DNA适用于酶切消化,电泳,PCR和任何其它预期应用 | [5] |
适用于多数来源(包括哺乳动物,微生物和植物)的样本DNA提取试剂盒的概述如下。详见表格6。
- ArchivePure DNA纯化试剂盒(5Prime): 本试剂盒适用于从全血,骨髓,培养的细胞,动物和植物组织,革兰氏阴性和阳性细菌及酵母中纯化基因组,线粒体或病毒DNA。它具备液相基因组DNA纯化系统,并使用无毒的去污剂和盐类。95%的DNA长于50kb,通常在100-200 kb范围内。
- FastDNA试剂盒(MP Biomedicals):它可从植物和动物组织,培养的细胞,细菌,酵母,真菌,藻类、病毒及昆虫中提取基因组DNA。它采用是优化的Lysing Matrix收集管及以二氧化硅为基础的geneclean & reg;技术来纯化DNA。
- DNAzol® 试剂(Invitrogen): 本试剂可用于从动物,植物,酵母和细菌的固体和液体样品中分离基因组DNA。它是专门用于组织,细胞或血液样本的DNA提取,可随时随地使用。
- Easy-DNA® 试剂盒(Invitrogen): 该试剂盒可用于从多种类型的细胞和组织中(包括哺乳动物组织,血液,毛发,小鼠尾巴,植物叶片,酵母及大肠杆菌)分离高分子量的基因组DNA。它基于一种改良的有机物提取方法。它通过使用氯仿去除残留物以及通过乙醇沉淀和回收分离DNA。
- Wizard® 基因组DNA纯化试剂盒(Promega):它可用于从全血,白血细胞,培养的组织细胞,动物组织,植物组织,酵母以及革兰氏阳性、阴性细菌中提取DNA。简而言之,首先裂解细胞,然后通过盐析去除细胞蛋白质,通过RNA核糖核酸酶去除RNA,最后用异丙醇沉淀DNA。
- DNA纯化试剂盒(BioBasic):包括动物组织和真菌基因组DNA提取试剂盒,细菌基因组DNA提取试剂盒,血液基因组DNA提取试剂盒,植物基因组DNA提取试剂盒,酵母基因组DNA提取试剂盒。BioBasic试剂盒可用于从血液,植物组织,哺乳动物细胞、组织,细菌及真菌中提取DNA [99] 。
试剂盒 | 来源 | 产量 | 使用及优点 | 参考文献 |
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ArchivePure DNA纯化试剂盒(5Prime) | 全血,骨髓,培养的稀薄啊,动物和植物组织,革兰氏阴性菌,革兰氏阳性细菌和酵母。 | 纯化的DNA产量和质量很大程度上取决于起始样本材料的质量,每个样品的细胞数和样本来源的基因组大小。 | 提供了一种分离高纯度的高分子量DNA的方法。操作快捷。纯化的DNA紫外吸光度A260/A280 比值为1.7-2.0。 | [100] |
FastDNA试剂盒(MP Biomedicals LLC) | 植物和动物组织,培养的细胞,细菌,酵母,真菌,藻类,病毒和昆虫。 | DNA纯化产量和操作时间取决于FastPrep设备、适配器及裂解物质的使用。 | 纯化用于PCR的DNA。操作快捷,可重复性好。 | [101] |
DNAzol®试剂(Invitrogen) | 从动物,植物,酵母和细菌来源的材料,包括细胞,组织和血液。 | 每1毫升DNAzol®试剂可从50 毫克组织或1 x 107 -3 x 107 个细胞中分离出基因组DNA。 | 分离的DNA可用于限制性内切酶消化,Southern blot检测,分子克隆及PCR。它是一整套随即可用的试剂。操作程序简单可靠,可在30-60分钟内完成。 | [102-104] |
Easy-DNA® 试剂盒(Invitrogen) | 细胞和组织(包括 哺乳动物组织, 血液, 毛发, 小鼠尾巴, 植物叶片, 酵母以及 E. coli 大肠杆菌细胞。 | 它可纯化出高质量的DNA,平均大小为100 kb-200 kb。 | 纯化的DNA后续适用于PCR、DNA杂交,基因组DNA文库构建及其他应用。从大样本或小样本中(如细胞,组织,植物,酵母, E. coli大肠杆菌,血液及毛发)均可纯化得到高质量DNA。操作程序简单,90分钟内可完成DNA提取。 | [105, 106] |
Wizard®基因组DNA纯化试剂盒(Promega) | 全血细胞,血细胞,培养的组织细胞,动物组织、植物组织、酵母及革兰氏阳性、阴性菌。 | 纯化的产量取决于起始样本材料的种类和数量。通常,从300微升人全血中可纯化出5-15微克DNA,从2.25 x 106 NIH/3T3细胞(小鼠)中可纯化出9.5-12.5克DNA, 从3x 106 K562细胞(人)中可纯化出15-30微克DNA, 从0.5-1.0厘米长的小鼠尾巴中可纯化出10-30微克DNA,从5 x 106 Sf9细胞(昆虫)中可纯化出16微克DNA, 从40毫克马铃薯叶片(植物组织)中可纯化出7-12微克DNA, 从1毫升E.coli (大肠杆菌) 中可纯化出20微克DNA,从1毫升过夜培养S.cerevisiae (酵母)可纯化出4.5-6.5微克DNA。 | 纯化的DNA适用于扩增反应、限制性内切酶消化以及膜杂交反应,如southern和dot/slot blots。 | [21, 32, 107-111] |
有特别用来从全血中分离基因组DNA的试剂盒。主要包括以下:
- 哺乳动物血液DNA提取试剂盒(Roche): 本试剂盒可从1-10毫升全血(包括人类,小鼠,大鼠等)提取基因组DNA。也可用于分离血液白细胞和淋巴细胞的DNA。从10ml健康人血液中可纯化DNA200-700微克,平均约为350微克(每毫升血液平均有5x106个淋巴细胞)。 纯化的DNA可用于PCR扩增,测序和Southern印迹。本试剂盒的优势为整个操作过程省时(小于1.5小时)。另外,纯化的DNA紫外吸光度A260/A280比值一般在1.7~1.9。 [67, 112] 。
- InnuPREP血液DNA小量提取试剂盒(AJ Innuscreen): 本试剂盒可直接从高达300微升的全血样本中分离基因组DNA。它可提取出高达12微克的DNA,这取决于样本本身及样本量。它的优势是可纯化出相当高质量的DNA,而且获得认证可用于体外诊(ce-ivd)。有关产品: InnuPREP血液DNA提取试剂盒, InnuPREP血液DNA提取试剂盒, InnuPREP直接型血液DNA提取试剂盒。
- Wizard® PCR Preps DNA纯化系统(Promega):本试剂盒可用于纯化PCR扩增的双链DNA。PCR产物可高效地从一些残留物(包括引物二聚体和扩增后的引物)中纯化出来。用1毫升树脂纯化50纳克至16微克长约500 bp的PCR产物,可达到超过95%的回收率。从低熔点琼脂糖胶纯化500 bp片段,一般可达到70-90%的回收率。,典型的收益可以预期从琼脂糖纯化。该试剂盒采用一种直接纯化的方法,操作快速便捷,大概15分钟即可完成,而且经济成本相对较低 [59, 113] 。
- QIAquick PCR产物纯化试剂盒(Qiagen):本试剂盒可直接纯化扩增后的双或单链PCR产物(100 bp-10 kb),最多纯化得到10微克DNA,达到90-95%的回收率。QIAquick系统结合了方便使用的离心柱技术以及独特设计的有选择性结合特性的二氧化硅膜。在高盐浓度下,DNA吸附到二氧化硅膜,残留物则流出柱子。杂质可通过洗涤去除,纯化的DNA可通过Tris缓冲液或水洗脱。纯化的DNA可用于限制性酶切反应,标记,杂交,PCR,连接与转化,放射性和荧光测序,体外转录或显微注射。本试剂盒的主要优势是操作快捷 [16, 49, 90, 101, 108, 114-129] 。 有关产品: QIAquick 核酸去除试剂盒和QIAquick胶回收试剂盒 [11, 48, 57, 78, 123, 130-134] 。
- MinElute PCR产物纯化试剂盒Kit (Qiagen): 本试剂盒是专为快速简单地从PCR产物,琼脂糖凝胶及酶切反应产物中分离DNA片段(70 bp-4kb)而设计,最后最少只需要10微升洗脱液。 MinElute PCR纯化试剂盒包含一个二氧化硅膜的装置,此装置在高盐缓冲液中可结合DNA,而在低盐缓冲液中可洗脱DNA。它也提供了纯化PCR产物的离心柱,可去除DNA样本中的引物,核酸,酶,矿物油,盐和其它杂质。可选择性使用一个pH指示剂,从而易控制pH值,使其最有利于DNA和离心柱的结合。通过使用QIAcube,该操作过程可完全实现自动化。纯化的高浓度DNA可直接用于后续实验,如连接和转化,体外转录,放射性和荧光测序,扩增反应,限制性酶切反应,显微注射,标记和杂交。
- GenElute™ PCR产物提取试剂盒(Sigma-Aldrich): 本试剂盒设计用于从PCR反应体系(包括多余的引物,核酸,DNA聚合酶,甘油和盐类物质)中快速纯化PCR扩增产物(100 bp-10 kb)。DNA结合在离心柱中的二氧化硅膜上。然后洗涤结合的DNA并通过相应的缓冲液洗脱。每个离心柱可纯化多至100微升或10微克的PCR扩增DNA产物,PCR产物(100 bp-10 kb)回收率可高达95%。该试剂盒可去除≥99%的引物和引物二聚体(<40 bp)。纯化的DNA适用于酶促反应,测序,克隆和基因芯片分析。
- PureLink® PCR产物纯化试剂盒(Life Technologies)该试剂盒可快速、高效去除PCR产物中的短引物,dNTPs,酶,短尾PCR产物及盐类。该试剂盒是基于在离液盐的存在时dsDNA可选择性结合硅胶膜的原理,使用清洗液去除杂质,使用低盐洗脱缓冲液洗脱纯化的DNA。该试剂盒自带两种专用缓冲液:1)结合缓冲液,用于纯化纯化100 bp-12 kb的dsDNA PCR产物,以及2)High-Cutoff (HC) 结合缓冲液,可去除引物二聚体或短的假性PCR产物(<300 bp)。纯化后的PCR产物适合荧光DNA自动测序,限制性酶切反应及克隆。
- GeneJet PCR产物纯化试剂盒(Thermo Scientific): 本试剂盒的离心柱采用了一种基于二氧化硅膜的专门技术,可纯化25 bp-20 kb的DNA片段,操作方便,回收率可高达100%。它能从PCR及其它反应体系中有效去除的引物,dNTPs,未掺入的标记性核苷酸,反应酶及盐类。每个GeneJET纯化柱最多可结合25微克DNA,整个操作程序约需5分钟。纯化的DNA可用于一般常规应用,如测序,限制性酶切反应,标记实验,连接反应,克隆实验,体外转录,印迹实验和原位杂交。
Kit | 来源 | 产量 | 使用及优点 | 参考文献 |
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Wizard® PCR Preps DNA纯化体系(Promega) | PCR产物 | 从50纳克到16微克,长为500 bp的PCR产物中可获得≥95%的回收率 | 试剂盒应用了一种约需15分钟的直接纯化法,操作过程快速简捷,且相对更便宜。 | [59, 113] |
QIAquick PCR产物纯化试剂盒(Qiagen) | PCR产物, 酶促反应物 | 纯化产量可高达10微克,回收率为90-95% | 纯化步骤快捷。纯化的DNA可用于限制性酶切反应,标记实验,杂交,PCR,连接反应,转化实验,放射性和荧光测序,体外转录或显微注射。 | [16, 49, 90, 101, 108, 114-129] |
MinElute PCR产物纯化试剂盒(Qiagen) | PCR产物, 酶促反应物 | 可纯化70 bp - 4 kb的DNA片段,回收率为80% | A此试剂盒可用很少(10微升)的洗脱液进行洗脱,可获得高度纯化、高浓度的DNA。操作快速简单,回收率高,重复性好。 | [135-137] |
GenElute™ PCR纯化试剂盒 (Sigma-Aldrich) | PCR扩增产物。 | 可回收100 bp-10 kb的DNA片段,回收率高达95% | 5分钟内可完成多达100微升或10微克PCR扩增产物的DNA片段纯化。纯化的DNA可用于酶促反应,测序,克隆和基因芯片分析。操作灵活,成本较低。 | [137-139] |
PureLink® PCR产物纯化试剂盒(Life Technologies) | PCR产物 | 从50-100微升(50纳克到40微克 dsDNA)PCR产物中可获得>80%的回收率 | 提供两种结合缓冲液,分别可用于纯化> 100 bp或> 300 bp的DNA片段,可在单个离心柱或96孔板中进行,整个操作10分钟内可完成。有效地去除引物,dNTPs,盐类物质及反应酶,不须用乙醇沉淀的方法。 | [140-142] |
GeneJet PCR纯化试剂盒(Thermo Scientific) | PCR产物, 酶促反应物 | 可纯化出100 bp-10 kb的DNA片段,可获得90 - 100%的回收率 | 可快速(约需5分钟)、高效地纯化出DNA片段,纯化产物几乎适用于所有传统的分子生物学应用,如测序,限制性酶切反应,标记实验,连接反应,分子克隆,体外转录,印迹实验和原位杂交。操作方便,其离心柱自带盖子和收集管。 | [143-145] |
- MinElute凝胶提取试剂盒(Qiagen): 它可用于从普通或低熔点琼脂糖凝胶中提取DNA片段(70 bp-4 kb),回收率为80%。任何大小和二级结构的所有酶都可去除。该试剂盒结合了操作方便的离心柱技术及专门独特设计的二氧化硅膜技术(选择性结合能力)。在高盐条件下,纯化体系通过离心柱时,DNA会吸附到二氧化硅膜上。杂质可通过洗涤有效去除,纯化的DNA可用Tris缓冲液或水进行洗脱。纯化的DNA可用于连接反应和转化,放射性和荧光测序,限制性酶切反应,标记,杂交,PCR,体外体外转录,或显微注射。本试剂盒的主要优势可纯化出高浓度及高纯度的DNA片段(最少只需10微升的l洗脱体积) [11, 134, 146] 。有关试剂盒: MinElute 反应物纯化试剂盒和MinElute PCR产物纯化试剂盒 [11, 100, 147-150] 。
- ZymocleanTM 凝胶DNA回收试剂盒(Zymo Research): 本试剂盒可快速从TAE/TBE缓冲液配置的琼脂糖凝胶中快速纯化出高质量的DNA。它是基于快速旋转离心柱的技术。对于50 bp-10 kb的DNA片段,其回收率为70-90%。对于11 kb-23 kb的DNA片段,回收率为50-70%。纯化的DNA适用于DNA连接反应,测序,DNA标记反应,PCR等。此试剂盒优点是可在15分钟内纯化出高质量的DNA。 [8, 151] 。
其它可用的试剂盒:1)用于新一代测序和DNA表达文库的DNA样品制备;2)纯化PCR扩增的双链DNA;3)从DNA样本中制备文库片段。包括如下
- NEBNext DNA样品制备试剂组合1(New England Biolabs):试剂盒提供了酶及缓冲液,用于下一代测序及制备表达文库的DNA样品纯化。其中所有试剂组分都有单独的Lot号,可单独或整套订购。所有试剂都经过额外的质量控制,且经过了功能验证从而可获得最大纯化产量。本试剂盒的主要优点有:它可在组合,混合物以及模块中使用;所有试剂均经过严格的质量控制,确保最高的质量和纯度;而且每种试剂组合或模块均经过了功能验证。此外,它可为下一代测序样品,表达文库的构建,高密度杂交芯片(SPRS2 and SPMMS2) 和基因组消减杂交(SPRS2 and SPMMS2)准备DNA样本 [101, 152, 153] 。
- Wizard® PCR Preps DNA纯化系统(Promega):本试剂盒用于纯化PCR扩增的双链DNA。PCR产物可从各种残余物中高效地纯化出来,包括引物二聚体和扩增的引物。用1毫升树脂纯化50纳克至16微克、长约500bp的PCR产物可达到95%的回收率。它提供了超过95%的回收率,可获得申请50 ng和16微克的500 bp的PCR产物对树脂1毫升之间。从低熔点琼脂糖凝胶中纯化500bp左右的DNA片段,一般可达到70-90%的回收率。此试剂盒的优势是,它采用了一种15分钟即可完成的直接纯化法,操作简单快捷,且相对便宜 [58, 151] 。
- QIAquick PCR产物纯化试剂盒(Qiagen):本试剂盒可直接从扩增后的双链或单链PCR产物(100 bp-10 kb)或从其它酶促反应产物中纯化DNA,最多可得到10微克,回收率高达90-95%。QIAquick系统结合了操作方便的离心柱技术及专门独特设计的二氧化硅膜技术(具有选择性结合能力)。在高盐条件下,纯化体系通过离心柱时,DNA会吸附到二氧化硅膜上。杂质可通过洗涤有效去除,纯化的DNA可用Tris缓冲液或水进行洗脱。纯化的DNA可用于限制性酶切反应,标记实验,杂交,PCR,连接和转化,放射性和荧光测序,体外转录或显微注射。本试剂盒的主要优点操作快捷 [15, 48, 89, 100, 107, 113-128] 。 相关试剂盒: QIAquick核苷酸去除试剂盒和QIAquick凝胶DNA提取试剂盒 [11, 47, 56, 77, 122, 129-133] 。
- GS FLX Titanium文库快速制备制剂盒(Roche): 该试剂盒可用于从需要测序的DNA样品中制备基因文库,例如从一种感兴趣的生物体中纯化基因组DNA,用于制备文库。它仅适用于双链DNA,且至少需要500纳克,纯化的DNA紫外吸光度A260/A280比值约为1.8,浓度至少为5纳克/微升输出的基因文库将包括一系列单链DNA片段,拼接起来就是整个样品序列。每个片段两侧都设计了合适的扩增和用于测序的DNA接头,然后进行纯化和定量。此试剂盒的优点是,它的技术纯化的DNA适用于任何大小基因组的测序,且只要具备相应的仪器设备,整个操作过程一个人即可完成 [154] 。
Labome调查了已在271篇文献中使用的、不同供应商提供的、用于从不同来源样本中提取和纯化DNA的试剂盒。
试剂盒 | 数量 | 供应商 | 数量 |
---|---|---|---|
微生物 | 25 | ||
Life Technologies | 3 | ||
MO BIO Laboratories | 6 | ||
Qiagen | 16 | ||
哺乳动物细胞和组织 | 18 | ||
Qiagen | 18 | ||
植物 | 8 | ||
Clontech | 3 | ||
Qiagen | 5 | ||
哺乳动物细胞和微生物 | 32 | ||
Life Technologies | 2 | ||
Qiagen | 30 | ||
哺乳动物细胞,微生物和植物 | 14 | ||
Epicentre生物技术 | 2 | ||
Life Technologies | 6 | ||
Promega | 6 | ||
全血 | 22 | ||
Illumina | 3 | ||
GE Healthcare | 5 | ||
Life Technologies | 3 | ||
Qiagen | 11 | ||
其它试剂盒 | 60 | ||
Beckman Coulter | 7 | ||
Life Technologies | 5 | ||
New England Biolabs | 3 | ||
Promega | 2 | ||
Qiagen | 39 | ||
Zymo Research | 4 |
MO BIO Laboratories PowerMax土壤DNA提取试剂盒可用来研究黑海沉积物中的Emiliania huxleyi病毒 [2] 土壤细菌和人类病原体之间抗生素耐药基因的交换 [11] 。 PowerSoil DNA提取试剂盒可用来研究土壤细菌中的真菌类根部病原体对植物的保护作用 [12] 以及长期饮食习惯对肠道微生物组成的影响 [14] 。
Qiagen QIAamp粪便DNA小量抽提试剂盒用来研究肠道菌群在肠道病毒感染中的作用 [16] , PD-1对IgA的选择和肠道菌群组成的调节性作用 [24] ,皮肤菌群的保护性免疫作用 [25] ,共生真菌和Dectin-1之间相互作用对结肠炎的影响 [26] , 急性胃肠道感染导致了宿主对共生菌免疫反应 [27] 以及免疫系统中抗菌凝集素RegIIIgamma对肠道中宿主细菌共生关系的的保护作用 [28] 。其QIAprep质粒小量提取试剂盒是用于研究痘苗病毒P37和LE相关蛋白间的相互作用 [15] 以及肠道菌群对肠道病毒感染的作用 [16] 。其质粒大量抽提试剂盒用于研究发光杆菌的致病和共生状态的调节作用 [8] 以及与eIF6作用的真核60S核糖体亚基的结构 [17] 。
Qiagen AllPrep DNA/RNA小量提取试剂盒是用于研究人类转录组RNA和相应的DNA序列之间的差异 [55] 以及网状内皮增生病病毒的起源与演化 [56] 。其QIAamp DNA小量抽提试剂盒是用于研究DNA转座子的起源 [52] , ColA可乐抗菌肽对昆虫共生菌的保护 [53] , APOBEC3G和小鼠白血病病毒之间的相互作用 [47] , 甲基化位点与前列腺癌的相关性 [48] ,肺腺癌患者的EGFR和KRAS基因突变 [49] , 生物钟与癌症风险之间的相互关系 [50] , 哥斯达黎地区细菌和遗传因素对胃癌的影响 [51] 以及全球性低甲基化和染色体不稳定性的相互关系 [54] 。 其Gentra Puregene组织DNA提取试剂盒是用来研究DNA甲基化在基因调控中的作用 [23] , 软骨鱼缺失HoxC的作用 [36] , Langerhans细胞介导PAH代谢的导致DNA损伤与肿瘤发生 [35] , 端粒酶缺乏时端到端的染色体融合 [37] , 红火蚁侵入历史 [38] , 以及细菌核糖体生物合成的抑制作用 [155] 。其Gentra Puregene细胞DNA提取试剂盒是用来研究GCH1基因单核苷酸多态性与辣椒素疼痛评分的关联 [39] , 小鼠组成性表达分子JAK3的激活导致淋巴细胞增生性疾病 [40] 以及DGJ在非典型性Fabry病中的作用 [41] 。
Clontech Nucleospin柱被用来研究Notch1基因突变与头颈部鳞状细胞癌的关系 [100] 以及CIC和FUBP1突变诱导的少突胶质细胞瘤 [149] 。
QIAGEN DNeasy植物DNA小量提取试剂盒是用来研究导致爱尔兰马铃薯饥荒的马铃薯晚疫病菌的品系 [156] , 蜜蜂授粉与兰花变异的关系 [60] , 水稻基因组 [61] 以及植物与菌根真菌的互惠共生关系 [62] 。
Life Technologies Invitrogen Purelink基因组DNA提取试剂盒是用于研究马立克氏病病毒引起的鸡淋巴细胞转化 [68] 以及细菌耐药性 [69] 。
Qiagen DNeasy血液和组织DNA提取试剂盒是用来研究支原体的毒力进化 [157] ,对最有效的抗生素结合以抑制细菌生长的最佳治疗时间 [158] , 肿瘤细胞中的非整倍体与STAG2灭活的关系 [71] ,线粒体基因组的不稳定性和人类乳腺癌的关系 [72] , 卵巢癌中的KRAS突变 [73] ,人体标本中的重组逆转录病毒XMRV [74] , Langerhans细胞介导的PAH代谢导致DNA损伤与肿瘤发生 [35] , 雄性胸鳍鹬的睡眠丢失 [44] , 癌症患者对依维莫司敏感性与TSC1突变的关系 [75] ,对基因表达和染色质结构的调控作用 [76] , 人粒细胞无形体对组织蛋白酶L活性的影响 [77] , CDKN1C的功能及激活 [78] , Dnmt1的稳定性调控 [79] , 髓母细胞瘤发生的分子机制 [80] , 头部和颈部鳞状细胞癌的突变谱 [81] , 哺乳动物的多样性 [42] ,基因组工作 [82] ,线虫对阿维菌素抗性的获得 [83] , 蛇的性染色体进化 [84] , 乳腺癌组织中蛋白多糖的作用 [85] ,肺癌细胞株中EGFR信号通路的基因 [86] , 单核细胞趋化蛋白-1分泌的调节 [87] , 卵巢表面上皮的PIK3CA基因的表达 [88] , 卵巢癌细胞中ERβ基因启动子的甲基化修饰 [89] , 乙酰氨基酚引起的肝毒性 [90] , Parp/Parg活性在维持DNA甲基化状态中的作用 [91] , 苜蓿根瘤菌Rm1021抗干燥性的机制 [92] , PRDM9和哺乳动物重组热点活化之间的关系 [93] , EOS在Foxp3依赖的基因沉默中的作用 [94] , Myodes glareolus的遗传变异 [95] , FGF21对延长小鼠寿命的作用 [159] , 慢性疲劳综合征与小鼠白血病病毒之间的可能关系 [21] , 环境对Agouti表达的影响 [70] , LTA4H在限制肺部慢性中性粒细胞炎症的作用 [97] 以及对Photorhabdus luminescens的致病和互惠状态的调节 [8] 。
Life Technologies Invitrogen DNAzol是用来研究gE/gI异源二聚体形成在细胞间高效传播中的作用 [103] , CRABP2突变导致的一种多效表观遗传学网络的抑制 [104] , 哺乳细胞中的microDNAs [102] ,以及非对称细胞周期 [160] 。Its Invitrogen Easy-DNATM试剂盒被用来研究支原体肺炎的ClpB蛋白 [105] 以及花虫类动物的再生 [106] 。
Promega Wizard® 基因组DNA纯化试剂盒是用来研究在实验性卒中后星形胶质细胞中Egr-1对phosphacan的表达调控 [108] , 甲状旁腺的腺瘤患者体内CTNNB1外显子3的突变和β-catenin的积累 [109] , RMI1,TOP3A及BLM的多态性与癌症风险之间的关系 [32] , 遗传性出血性毛细血管扩张症的韩国患者的临床特征及ENG,ACVRL1和SMAD4的基因突变 [110] , 免疫球蛋白A肾病的发生发展过程中,血管紧张素II型受体内含子2中A1818T多态性的作用 [111] 以及结核病易感性与严重程度与巴基斯坦患者细胞因子基因多态性的关联 [107] 。
GE Healthcare GFX血液基因组DNA纯化试剂盒是用于研究雄性胸鳍鹬的睡眠缺失 [44] 以及对黄金猎犬肌营养不良症的治疗 [45] 。
Qiagen QIAamp 96 血液DNA提取试剂盒用于研究RMI1, TOP3A和BLM 的基因多态性与癌症风险之间关系 [32] 以及乳腺癌易感基因位点与乳腺密度的关联 [31] 。 其QIAmp血液DNA中量提取试剂盒被用来研究U4atac snRNA在早期人类发展和产后过程中的作用 [29] 以及人前列腺中肿瘤的形成 [30] 。其血液DNA大量提取试剂盒被用来研究髓细胞白血病患者中的RAS突变 [33] 以及viperin在人巨细胞病毒感染中的作用 [34] 。其QIAamp血液DNA小量提取试剂盒被用来研究慢性疲劳综合症和鼠类白血病病毒之间的可能关系 [21] , 造血干细胞中ADAR1的功能 [20] 前列腺癌与MnSOD、NAT的基因多态性及吸烟的关联 [22] 。 其Gentra Puregene血液DNA提取试剂盒是用于研究针对雄激素抵抗无突变基础的抵抗castration的前列腺癌治疗的合理的药物设计 [18] ,CYP2C19变异在冠心病患者对普拉格雷和氯吡格雷反应性的影响 [57] 以及ARPE-19细胞中芳基硫酸酯酶I的基因表达 [58] 。
Beckman Coulter AMPure XP微珠被用于研究DNA为基础的数字信息存储 [161] ,鱼鳞病患者体内致病导致突变中的体细胞丢失 [162] , 饮食紊乱对人体肠道菌群的影响 [134] , 饮食对肠道菌群功能的调节 [130] , 在拟南芥中乙烯控制其生长的机制 [146] 以及拟南芥通过单循环激活控制计时 [163] 。
Life Technologies Invitrogen链霉素Dynabeads M-280被用来研究聚合酶I转录 [164] 以及发育障碍MOPD I中的内含子剪接 [165] 。
New England Biolabs NEBNext DNA样本制备试剂组合1 用于研究在不同代的拟南芥中甲基化的变异性 [152] , 患者肌瘤的MED12基因突变 [101] 以及5-羟甲基在小鼠ES细胞中的分布 [153] 。
Promega Wizard® PCR Preps DNA纯化体系是用来研究ARPE-19细胞 [58] 的芳基硫酸酯酶I基因表达及E. coli大肠杆菌的适应性融合 [151] 。
Qiagen MinElute凝胶DNA提取试剂盒被用来研究土壤细菌和人类病原体的抗生素抗性基因交换 [11] , 饮食紊乱对人体肠道菌群的影响 [134] 以及在拟南芥中乙烯控制其生长的机制 [146] 。Its MinElute PCR产物纯化试剂盒被用来研究carotenogenesis在玉米中的作用 [147] ,斑马鱼基因突变的方法 [148] ,NOTCH1基因突变与头颈部鳞状细胞癌的关联 [100] ,CIC和FUBP1突变诱导的少突胶质细胞 [149] , 黑暗海洋的细菌谱系 [150] 以及土壤细菌和人类病原体的抗生素抗性基因交换 [11] 。 Its QIAquick 凝胶DNA提取试剂盒被用来研究B细胞分化中TCDD诱导的损伤 [129] , APOBEC3G和鼠白血病病毒之间的相互关系 [47] , ORF9-ORF12基因簇在水痘带状疱疹病毒复制和皮肤感染中的作用 [131] , 无形体吞噬细胞对组织蛋白酶L活性的作用 [77] , 创伤弧菌CMCP6中HlyU的功能 [122] ,散发性乳腺癌的CXCL12和ESR1 CpG岛甲基化模式对于预后的价值 [132] , 土壤细菌和人类病原体的抗生素抗性基因交换 [11] , 饮食对肠道微生物的功能的调节 [130] , 一种可合成RNA的核酶的进化 [133] 以及网状内皮组织病毒的起源和演化 [56] 。Its QIAquick PCR产物纯化试剂盒 被用来研究哺乳动物的分子和行为昼夜节律中USF1的调节作用 [128] , 荚膜组织胞浆菌的温感调控毒力变化的机制 [114] , ENT4和EWS/WT1相互作用 [113] , 基因表达和表观遗传标记之间的关系 [115] , C4A或C4B缺乏对于转移性肾细胞癌患者生存率的预测价值 [116] , 甲基化位点与前列腺癌的关系 [48] , 癌症中的基因融合 [117] , 巴基斯坦地区结核病易感性和严重程度与细胞因子基因多态性的关联 [107] , 牛痘病毒P37和LE相关蛋白之间的相互作用 [15] ,疟疾选择压力下的TLR衔接蛋白多态性 [118] ,黄斑角膜营养不良患者的carbohydrate sulfotransferase 6的基因突变 [119] , 卵巢癌细胞的ER-β启动子的甲基化修饰 [89] , Bmper调节BMP信号通路 [120] , SIRT1在脂肪细胞中的功能 [121] , 创伤弧菌CMCP6中HlyU的功能 [122] , NOTCH1基因突变与头颈部鳞状细胞癌的关联 [100] , 合成基因聚合物的功能用于存储信息 [123] ,罂粟中的生物碱诺斯卡品合成 [124] , Myrf对中枢神经系统髓鞘形成的调节作用 [125] , LSD1对血细胞成熟的作用 [126] 以及澳大利亚原住民的起源 [127] 。
Zymo Research DNA纯化和浓缩试剂盒被用来研究染色质结构和基因表达之间的关系 [166] 以及大肠杆菌E. coli的适应性融合 [151] 。 其ZymocleanTM凝胶DNA回收试剂盒被用来研究大肠杆菌E。 coli的适应性融合 [151] 以及发光杆菌的致病和共生状态的调节作用 [8] 。
- Iguchi T, Sugita S, Wang C, Newman N, Nakatani T, Haas G. MnSOD genotype and prostate cancer risk as a function of NAT genotype and smoking status. In Vivo. 2009;23:7-12 pubmed
- Hand T, Dos Santos L, Bouladoux N, Molloy M, Pagán A, Pepper M, et al. Acute gastrointestinal infection induces long-lived microbiota-specific T cell responses. Science. 2012;337:1553-6 pubmed
- Park J, Kim G, Kim S, Ko J, Lee J, Yoo H. Effects of a chemical chaperone on genetic mutations in alpha-galactosidase A in Korean patients with Fabry disease. Exp Mol Med. 2009;41:1-7 pubmed
- Lesku J, Rattenborg N, Valcu M, Vyssotski A, Kuhn S, Kuemmeth F, et al. Adaptive sleep loss in polygynous pectoral sandpipers. Science. 2012;337:1654-8 pubmed
- Con S, Takeuchi H, Con-Chin G, Con-Chin V, Yasuda N, Con-Wong R. Role of bacterial and genetic factors in gastric cancer in Costa Rica. World J Gastroenterol. 2009;15:211-8 pubmed
- Oshikawa M, Usami R, Kato S. Characterization of the arylsulfatase I (ARSI) gene preferentially expressed in the human retinal pigment epithelium cell line ARPE-19. Mol Vis. 2009;15:482-94 pubmed
- Le Clorennec C, Ouk T, Youlyouz-Marfak I, Panteix S, Martin C, Rastelli J, et al. Molecular basis of cytotoxicity of Epstein-Barr virus (EBV) latent membrane protein 1 (LMP1) in EBV latency III B cells: LMP1 induces type II ligand-independent autoactivation of CD95/Fas with caspase 8-mediated apoptosis. J Virol. 2008;82:6721-33 pubmed publisher
- Yap O, Bhat G, Liu L, Tollefsbol T. Epigenetic modifications of the Estrogen receptor beta gene in epithelial ovarian cancer cells. Anticancer Res. 2009;29:139-44 pubmed
- Pastore E, Perrone F, Orsenigo M, Mariani L, Millefanti C, Riccio S, et al. Polymorphisms of Metabolizing Enzymes and Susceptibility to Ethmoid Intestinal-type Adenocarcinoma in Professionally Exposed Patients. Transl Oncol. 2009;2:84-8 pubmed
- Konova I, Pan'kina O, Lebed' E, Bartoshevich I. [Lipids of initial and mutant cultures of Penicillium chrysogenum, producers of penicillin]. Antibiot Khimioter. 1989;34:3-6 pubmed
- Berarducci B, Rajamani J, Reichelt M, Sommer M, Zerboni L, Arvin A. Deletion of the first cysteine-rich region of the varicella-zoster virus glycoprotein E ectodomain abolishes the gE and gI interaction and differentially affects cell-cell spread and viral entry. J Virol. 2009;83:228-40 pubmed publisher
- Miller S, Dykes D, Polesky H. A simple salting out procedure for extracting DNA from human nucleated cells. Nucleic Acids Res. 1988;16:1215 pubmed
- Birgani S, Salehi Z, Houshmand M, Mohamadi M, Promehr L, Mozafarzadeh Z. Novel mutations of CHST6 in Iranian patients with macular corneal dystrophy. Mol Vis. 2009;15:373-7 pubmed
- Dodgson A, Pujol C, Denning D, Soll D, Fox A. Multilocus sequence typing of Candida glabrata reveals geographically enriched clades. J Clin Microbiol. 2003;41:5709-17 pubmed
- Ruas-Madiedo P, Hernández-Barranco A, Margolles A, de los Reyes-Gavilan C. A bile salt-resistant derivative of Bifidobacterium animalis has an altered fermentation pattern when grown on glucose and maltose. Appl Environ Microbiol. 2005;71:6564-70 pubmed
- Costanzo S, Ospina-Giraldo M, Deahl K, Baker C, Jones R. Gene duplication event in family 12 glycosyl hydrolase from Phytophthora spp. Fungal Genet Biol. 2006;43:707-14 pubmed
- Kursunoglu-Brahme S, Resnick D. Magnetic resonance imaging of the shoulder. Radiol Clin North Am. 1990;28:941-54 pubmed
- Church G, Gao Y, Kosuri S. Next-generation digital information storage in DNA. Science. 2012;337:1628 pubmed