A summary of reagents for microRNA research cited in a randomly selected set of peer-reviewed publications.
Labome调研了截止2014年8月5日前的10422篇抗体应用的文章(请阅 来邦是如何选择这10000篇论文的?)。在这些文章中,总结了2348篇文章中的所有试剂(包括抗体)。其中有25本杂志中的65篇文章明确引用了microRNA。表一和表二列出了这65篇文章中包含超过一篇文章的杂志名称及其出版年限。
年份 | 数目 |
---|---|
2003 | 1 |
2006 | 2 |
2007 | 3 |
2008 | 7 |
2009 | 27 |
2010 | 14 |
2011 | 4 |
2012 | 4 |
2013 | 4 |
杂志名 | 数目 |
---|---|
Science | 13 |
Proc Natl Acad Sci U S A | 11 |
RNA | 5 |
Genes Dev | 3 |
PLoS ONE | 2 |
eLife | 2 |
Am J Pathol | 2 |
多数文章研究了某些特定microRNA在正常或病理过程中的作用,例如miR-9在人单核细胞和中性粒细胞 [1] 和神经干细胞命运决定中 [2] miR-9,miR-181a and b, miR-204,miR-199b,miR-135a 在胚胎干细胞分化中 [3] microRNA-10a 在人乳腺癌细胞中 [4] miR-15a,miR-18a,miR-30b,miR-99a,miR-182和miR-199a在听觉发育和功能中 [5] ,miR-15b和miR-16在人胃癌细胞中 [6] ,miR-16作为羟色胺转运体调节因子 [7] miR-21和miR-31在卡波济氏肉瘤相关的疱疹病毒感染中 [8] ,miR-18a和miR-19a在人成神经细胞瘤中 [9] ,microRNA miR-26a在高分化神经胶质瘤中 [10] ,miR-27a和 miR-451在人癌细胞中 [11] , miR-27在疱疹病毒 感染中 [12] , mir-29 在细胞凋亡 [13] 和肺癌中 [14] ,miR-32和 miR-106b-25在前列腺癌中 [15] ,microRNA-33在胆固醇体内平衡调节中 [16] ,miR-34a在致癌性HPV感染中 [17] ,miR-92a,miR-454和miR-320b在神经发育中 [18] ,hsa-miR-106a 作为白介素-10 的调节因子 [19] , microRNA miR-122在肝脏节律基因表达中 [20] ,microRNA miR-124和 miR-135a盐皮质激素受体基因表达调节中 [21] ,MIRN125B在共济失调毛细血管扩张的发病机制中 [22] ,microRNA -125b 作为p53 的调节因子 [23] , miR-126 在血管生成中 [24] ,microRNA 155 在调控T细胞中 [25] ,miR-155在 F. novicida 感染中 [26] , miR-155 在血管紧张素II的1型受体调节中 [27] ,miR-181a在骨髓细胞中 [28] ,miR-183在细胞凋亡中 [29] , microRNA-192 in 糖尿病性肾小球中 [30] ,microRNA-206 在肌萎缩侧索硬化过程中 [31] ,miR-221在肝脏肿瘤发生中 [32] ,miR-375 在胰腺的α和β细胞中 [33] ,miR-499在肌肉中 [34] ,以及lin-4和lin-14在秀丽隐杆线的营养剥夺中 [35] 。
其他几篇文章则讨论了microRNA的生物起源、全局调控或其他与microRNA相关的过程,如DGCR8功能 [36] ,Dicer [37] ,Ago2 [38] ,细胞与细胞接触 [39] ,和 Ago1 [38] ,2型糖尿病中全局的microRNA变化 [40] ,癌细胞鉴定 [41] ,传代的不稳定性 [42] ,人工microRNA [43] ,以及抑制癌细胞的microRNA合成 [44] 。 其中一篇文章还包含了piRNAs [45] 。
Ambion 公司的miR-34a microRNA前体和阴性对照通过转染以模拟体内的成熟miR-34a ,来揭示人乳头瘤病毒(HPV)感染可通过病毒癌蛋白E6干扰有肿瘤抑制作用的miR-34a的表达 [17] 。 Ambion的 miR-16 用来通过钨小珠轰击转染细胞进行功能获得性突变实验,以研究miR-16在识别羟色胺转运体和选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRI)抗抑郁潜在活性中的作用 [7] ,Ambion的 miR-125b 二倍体用于荧光素酶报告实验用以证明miR-125b,这一脑部富集的microRNA,是一种斑马鱼和人类p53的负调控元件 [23] 。
System Biosciences公司的人hsa-mir-31microRNA表达质粒和它的控制质粒用于在细胞系中表达人 hsa-mir-31microRNA,从而用来研究 K15M 蛋白在细胞迁移和侵袭中调控microRNA表达的作用 [8] 。
MicroRNA mimics是一种修饰的小的双链RNA分子,可用于转染培养细胞或动物,与内源的 microRNA 分子具有类似的作用。
Dharmacon RNAi Technologies公司的人microRNA miR-142(3p),miR-146a和 miR-141 mimics用于通过某些特定转录翻译合成调节回路识别特定的癌细胞 [41] ,miR-33 mimics 转染入巨噬细胞中用来研究内含子miRNA miR-33在胆固醇代谢中的作用 [46] , miR-27a和miR-451 mimics用于研究microRNA miR-27a和miR-451对人癌细胞MDR1/P-糖蛋白表达调控的作用 [11] 。 Ambion公司的miRNA mimic寡核苷酸(miR-18a,miR-19a和 miRNA 负调控。 MicroRNA mimics通过Ambion pMIR-TK载体转染进细胞中 [9] 。
MicroRNA抑制剂能够阻断内源性microRNA的活性,因此已被广泛用于研究特定microRNA 分子的功能。
Dharmacon 公司的人miR-21和miR-31的发卡抑制剂被用于研究K15M蛋白在细胞迁徙和侵袭中调节microRNA表达的作用 [8] ,Dharmacon公司的miR-33抑制剂用于转染巨噬细胞来研究内含子miRNA miR-33在调控胆固醇代谢中的功能 [46] ,miR-27a和miR-451抑制剂被用于研究它们在对人癌细胞MDR1/P-糖蛋白表达调控的作用 [11] 。
Ambion公司的抗miR-16抑制剂被用于进行功能缺失实验,以研究miR-16在识别羟色胺转运体和选择性5-羟色胺再摄取抑制剂(SSRI)抗抑郁潜在活性中的作用 [7] ,而它的抗miR miRNA抑制剂被用于转染实验,以研究 p100 和AT1R 3'-非翻译区的相互作用 [27] ,Ambion公司的miRNA反义寡核苷酸miR-125b用于荧光素酶报告实验来证明miR-125b,这一在大脑中富集的microRNA,是一种斑马鱼和人类p53的负调控元件 [23] 。 Exiqon LNA的敲除寡核苷酸 (LNA-scramble; LNA-18a; and LNA-19a) 被用于转染实验 [9] 。 Ambion siPORT NeoFX 转染试剂将microRNA 表达质粒转染进Kelly 细胞中 [9, 17] 。
大部分microRNA研究方法如Northern blot,茎环RT-PCR,微阵列分析和测序都需要纯化的RNA或者富集的小分子RNA样品。
重要提示:常用的RNA提纯试剂TRIzol会选择性地丢失去低GC结构的短RNA [47] 。明智的做法是在小RNA的净化时避免使用TRIzol。
Invitrogen公司的Trizol被广泛的用于RNA提取 [11, 17, 31, 46] 。 Invitrogen公司的 PureLink miRNA 提取试剂盒可用于纯化miRNA进行qPCR 分析 [22] 。Ambion公司的mirVana miRNA分离试剂盒能够富集小分子RNA,已被用于准备microRNA微阵列分析 [1, 5, 9, 18] ,测序 [38] ,qPCR分析 [4, 21, 27] 以及小RNA文库构建 [42] 。SABiosciences 公司的RT qPCR-级别的miRNA提取试剂盒被用于纯化microRNA进行微阵列分析 [46] 。
Ambion flashPAGE分馏器被用于获取低于40个核苷酸的小片段RNA分子,这些小片段RNA在用于微阵列分析前不包含前体miRNA分子 [5] 。
microRNA 样品进行PCR分析时必须要考虑的一个方面是内参问题。MiRNA 定量PCR结果通常利用U6 snRNA内参 [4, 25, 33] 。U6 snRNA (非编码小核RNA) 是一个剪切体用于对mRNA前体的剪切加工。U6 snRNA的水平可通过商品化试剂盒如Applied Biosystems ABI miRNA U6分析试剂盒进行评估 [33] 。 GAPDH mRNA水平有时候也会用来做对照 [31] ],5S rRNA作为 loading对照 [27] ,另外还包括肌动蛋白mRNA [35] 。
ABI公司供应miRNA特异性的茎环结构引物 [9] 。
Applied Biosystems TaqMan miRNA分析试剂盒被用于real time PCR中来研究两种新/旧肌球蛋白在哺乳动物骨骼肌中的表达:MYH14/7b和MYH15在眼外肌和肌梭中的表达 [34] ,Applied Biosystems Early Access Taqman qRT-PCR miRNA板被用来研究ATM基因突变对一些miRNAs的影响 [22] 。Ambion mirVana qRT PCR miRNA检测试剂盒用于检测分离的RNA来研究p100和AT1R 3-UTR 相互作用对AT1R表达的影响 [27] 。Invitrogen NCode miRNA First-Strand cDNA试剂盒被用来获取第一链互补DNA来研究foxp3依赖的microRNA155 在维持T细胞的竞争性状态 [25] 。
GenePharma Hairpin-it miRNAs qPCR Quantitation Assay也有使用 [4] 。
杂交缓冲液包括Ambion ULTRAhyb-Oligo缓冲液 [9] 和Sigma PerfectHyb Plus杂交缓冲液 [17] 。
Ambion 尼龙膜 [9] 和PerkinElmer GeneScreen Plus 杂交转移膜 [17] ,Amersham Hybond 膜 [7] 被使用。
Northern blot探针利用gamma-32P-ATP (Amersham Biosciences) 进行标记,标记可使用 T4 多核苷酸激酶 (New England Biolabs) [7] , IDT Starfire 标记试剂盒 [31] 或者Stratagene Prime-It II 随机引物标记试剂盒 [35] 。
U6 [7, 31] 和秀丽隐杆线虫5.8S rRNA [35] 被用于作为Northern blot对照。
关于microRNA 研究的文章中涉及到原位杂交的不多。Exiqon 特异性锁定核酸的探针通过Roches 公司的末端转移酶和DIG-ddUTP标记进行原位杂交分析 [33] 。
Applied Biosystems TaqMan microRNA 反转录试剂盒 [1] ,或者SABiosciences RT2 miRNA First Strand kit [46] 被用来进行反转录。Ambion mirVana miRNA Probe Set version 1,mirVana miRNA 标记试剂盒和mirVana miRNA Bioarray Essentials Kit被用于进行微阵列分析,来研究microRNAs 在脊椎动物内耳毛细胞发育和功能中的作用 [5] 。
Agilent miRNA labeling Reagent & Hybridization Kit 被用于与Agilent Mouse miRNA微阵列杂交前,对小分子RNA进行标记 [37] ,Agilent Human microRNA Microarray (v3) 被用于检测microRNA 在14个人体、11个黑猩猩和8个猕猴中的表达情况 [18] 。SABiosciences Human Whole Genome miRNA Array set 被用于进行miRNA 微阵列分析 [46] 。
Illumina Genome Analyzer II 被用于进行小分子RNA测序分析,来研究果蝇小的沉默RNA中microRNA*链的作用 [38] 。
Invitrogen pDONR207被用于将人工合成的microRNA前体连接到miR319a骨架来表明转录因子KNOTTED1 能够通过分子伴侣在细胞间转运 [43] 。
miRNA研究试剂主要由几个供应商提供,总结在表三中。
Life Technologies Corporation 公司并购了几家供应miRNA研究试剂的公司,品牌包括Invitrogen,Applied Biosystems (ABI),Ambion和Taqman.
试剂 | 方法 | 参考文献 |
---|---|---|
Life Technologies公司 | ||
Invitrogen TRIzol试剂 | RNA提取 | [11, 17, 31, 46] |
Ambion mirVana提取试剂盒 | miRNA提取 | [1, 4, 5, 21, 27, 38, 42, 45] |
Ambion flashPAGE Fractionator | miRNA纯化 | [5] |
Invitrogen PureLink miRNA提取试剂盒 | miRNA 纯化 | [22] |
Ambion miRNA,miRNA mimic,和对照 | [7, 9, 17] | |
Ambion miRNA抑制剂和对照 | [7, 23, 27] | |
Ambion siPORT NeoFX转染试剂 | miRNA转染 | [9, 17] |
Ambion mirVana qRT PCR miRNA 检测试剂盒 | PCR | [27] |
Applied Biosystems miRNA特异性茎环结构引物 | PCR | [9] |
Applied Biosystems TaqMan microRNA 反转录试剂盒 | PCR | [1] |
Applied Biosystems TaqMan miRNA分析试剂盒 | PCR | [34] |
Applied Biosystems Early Access Taqman qRT-PCR miRNA panel | PCR | [22] |
Invitrogen NCode miRNA First-Strand cDNA Kit | PCR | [25] |
Applied Biosystems ABI miRNA U6 assay kit | PCR 对照 | [33] |
Ambion Nylon Membrane | Northern blot | [9] |
Ambion ULTRAhyb-Oligo buffer | Northern blot | [9] |
Thermo Fisher Scientific。 注意:Dharmacon现是GE Healthcare。 | ||
Dharmacon miRNA,miRNA 模仿剂和对照 | [11, 41, 46] | |
Dharmacon miRNA inhibitor and control | [8, 46] | |
其他供应商 | ||
Agilent 人和小鼠miRNA微阵列 | 微阵列 | [18, 37] |
Agilent miRNA标记试剂&杂交试剂盒 | Northern blot | [37] |
SABiosciences RT2 miRNA第一链试剂盒 | PCR | [46] |
SABiosciences 人全基因组 miRNA芯片 | 芯片 | [46] |
GenePharma Hairpin-it miRNAs qPCR 定量试剂盒 | PCR | [4] |
System Biosciences miRNA 和对照 | [8] | |
Amersham Biosciences gamma-32P-ATP | Northern blot | [7] |
Amersham Hybond膜 | Northern blot | [7] |
Illumina Genome Analyzer II | 测序 | [38] |
IDT Starfire 标签试剂盒 | Northern blot | [31] |
PerkinElmer GeneScreen Plus杂交转移膜 | Northern blot | [17] |
Roche 末端转移酶和DIG-ddUTP | Northern blot | [33] |
Sigma PerfectHyb Plus杂交缓冲液 | Northern blot | [17] |
Stratagene Prime-It II随机引物标记试剂盒 | Northern blot | [35] |
Exiqon 锁核酸探针 | 原位杂交 | [33] |
- Saunders L, Sharma A, Tawney J, Nakagawa M, Okita K, Yamanaka S, et al. miRNAs regulate SIRT1 expression during mouse embryonic stem cell differentiation and in adult mouse tissues. Aging (Albany NY). 2010;2:415-31 pubmed
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